Makoto Yuki est un jeune lycéen qui retourne vivre à Port Island, ville qu'il a quitté dix ans auparavant. Étant orphelin, il est transféré dans les dortoirs Iwatodai qui appartiennent au lycée Gekkoukan dans lequel il sera dorénavant étudiant. Le soir de son arrivée, il fait la rencontre d'un étrange garçon qui lui demande de signer un contrat. Tout se passe bien durant quelques temps jusqu'au jour où durant la nuit, son dortoir se fait attaquer par des monstres. C'est ainsi qu'il découvre que les seuls élèves du dortoir ont la possibilité d'invoquer leurs Persona, une entité représentant leur inconscient. Il apprendra alors plus tard que sa Persona lui permet de combattre ces monstres appelés « Shadow » qui n'apparaissent que durant la « Dark Hour ». Une heure située entre 00h00 et 01h00 dans laquelle seules des personnes avec le potentiel d'invoquer leurs Persona peuvent y être actifs, la plupart de la population se transforme alors en cercueil..
Alors que l'équipe des S.E.E.S doit affronter toujours et encore des « Shadows », ils doivent malheureusement faire face à la mort de proches. Cela leur permettant d'être plus fort, les S.E.E.S sont plus déterminés que jamais à en finir avec la « Dark Hour ». C'est à ce moment-là que Makoto fait la rencontre d'un élève plutôt mystérieux du nom de Ryoji Mochizuki, un tout nouvel élève transféré dans sa classe..
Après son sauvetage concluant, Fuuka Yamagaishi est désormais une membre des S.E.E.S et se trouve être d'une aide précieuse puisqu'elle remplacera Mitsuru Kirijo lors des déplacements dans Tartarus. Sa Persona ne combat pas mais donne beaucoup d'informations sur les ennemis et fera office de support aux combats. L'été bat son plein et les vacances arrivent. Mitsuru décide d'inviter toute l'équipe à passer quelques jours dans son manoir, sur l'île de Yakushima, pour profiter de la plage ! L'équipe des S.E.E.S va alors faire la rencontre de plusieurs personnes importantes, tels que de nouveaux membres mais aussi d'un groupe nommé Strega prêt à leur mettre des bâtons dans les roues !.
Suite aux révélations qui ont été faites de la part de Ryoji, les S.E.E.S doivent faire un choix très difficile qui semble n'avoir pourtant qu'une seule issue. Le moral est au plus bas, mais Makoto décide de prendre les devants avant que le monde ne disparaisse….
