Les trois enfants de Sam Douglas, agent du FBI, sont kidnappés par le redoutable Hugo Snyder, notoire trafiquant d'armes. Mais c'est sans compter sur les ressources des jeunes gens, initiés par leur grand-père a l'art guerrier des Ninjas..
Les 3 "Ninjas Kids", Rocky, Colt et Tum Tum, sont sollicites par le frere de leur grand-pere Mori qui doit ramener au Japon une dague d'apparat, cle d'une cache d'or secrete dont une bande de hard-rockers dejantes veut s'emparer. Pourront-ils mener a bien cette mission et revenir a temps disputer le match de base-ball de l'annee ?.
Rocky, Mustang et Ram Dam tentent d'aider une communauté indienne dont la réserve est polluée par un industriel qui veut les expulser..
Les trois frères ninja partent pour le parc d'attraction Mega Moutain ou ils espèrent rencontrer la superstar de TV Dave Dragon. Pendant que les garçons s'amusent, le maléfique Lotahr Zong et ses sbires prennent en otage tout le parc et demandent une rançon de dix millions de dollars. En voyant leur star favorite se faire capturer par les bandits, les garçons vont passer a l'offensive en utilisant leurs formidables pouvoirs et sauver ainsi leur héros et les autres otages..
