In the distant future, the planets are now connected with a massive galactic railway system. The Galaxy Express 999 has crash landed on a mysterious planet. On board are The Conductor, Killian, Maetel, and Tetsuro, a ten year-old street urchin with a heart of gold. Now it’s up to the SDF Sirius Platoon to rescue them before the Herise Time Mystery—a rift in the deep axis of time and space—repeats..
Thomas Wallas est un jeune garçon de six ans dont le rêve est de devenir un membre de la Force de défense spatiale, comme son père,Marckab, capitaine de l'unité Sirius. Mais, alors qu'il monte clandestinement en compagnie de son grand frère, Allan, dans le train de l'unité Sirius, Big 1, Thomas et Allan sont témoins d'une violente attaque. Mais le pire reste à venir, et il faut prendre une décision. C'est ainsi que le capitaine Wallas décide de se sacrifier. Six ans plus tard, Thomas subit un nouveau drame en perdant son frère, mais cela ne l'empêche pas de rejoindre les rangs de la FDS. Il fait tout d'abord la connaissance de Lise Ordrack dans le train qui l'emmène sur Destiny, planète où se trouve le siège de la Galaxy Railways. Il sera ensuite affecté à l'unité Sirius, dirigée par le capitaine Bulge, anciennement premier officier du père de Thomas. L'unité comprend déjà Wilson, Bruce et Cassiopée, un androïde médical. Ensemble, ils vont vivre des aventures qui les uniront et leur donneront à chacun une véritable raison de rester fidèle aux idéaux pour lesquels ils risquent leur vie. .
