Hollywood 1951. Le metteur en scène David Merrill se retrouve inscrit sur la fameuse Liste Noire, qui désignait les gens soupçonnés d'être membres du Parti Communiste. Il refuse alors de baser sa défense sur d'éventuelles dénonciations..
Raymond « Red » Reddington, l’un des fugitifs les plus recherchés par le FBI, se rend en personne au quartier général du FBI à Washington. Il affirme avoir les mêmes intérêts que le FBI : faire tomber des criminels dangereux et des terroristes. Reddington coopérera, mais insiste pour ne parler qu’à Elizabeth Keen, une profileuse inexpérimentée du FBI. Keen s’interroge sur l’intérêt soudain que Reddington lui porte, bien qu’il soutienne que Keen est très spéciale. Après que le FBI a fait tomber un terroriste sur lequel il a fourni des informations, Reddington révèle que ce terroriste n’est que le premier de beaucoup d’autres à venir : durant les deux dernières décennies, il a fait une liste des criminels et terroristes qu'il croit introuvable par le FBI parce que ce dernier ignorait leur existence et que ce sont les plus importants. Reddington l’appelle « La Liste noire » (« The Blacklist »)..
Tom Keen rejoint Halcyon Aegis, une organisation de mercenaires dirigée par sa mère, Susan "Scottie" Hargrave. Son but : percer les zones d'ombres de son passé et découvrir ce qui est réellement arrivé à son père en infiltrant l'équipe d'Hargrave, qui s'est donnée pour objectif de racheter ses actions passées en venant en aide à ceux qui l'engagent pour mener à bien de périlleuses missions..
