L'officier Logan parvient avec l'aide d'une voyante, Tess, à capturer le dangereux psychopathe Channing, qui en est à son quatorzième meurtre rituel. Après son exécution, il découvre que l'assassin possède le don d'immortalité, et qu'il cherche à se venger. Il va devoir enquêter dans le surnaturel et opposer ses forces aux pouvoirs de Channing..
Dans l'Archipel Orange situé tout au sud de Kanto, le Dresseur Gelardan a un plan sinistre : attraper les Pokémon légendaires Artikodin, Électhor et Sulfura dans le but de réveiller Lugia, le gardien des abysses… Lorsque Sacha et ses amis arrivent, les habitants de l'archipel lui demandent de partir à la recherche de 3 sphères élémentaires issues de différentes îles. Alors que le climat est extrêmement perturbé dans le monde entier, il devient évident que la capture du trio légendaire a déséquilibré la planète. Avec l'aide de Lugia, Sacha pourra-t-il trouver les sphères sacrées, rétablir l'équilibre originel et devenir l'Élu tant attendu par tous ?.
