Ben Stiller réendosse le rôle de Larry, le gardien de musée le plus survolté, dans le dernier volet de la saga La Nuit au Musée. Il quitte pour Londres où il va vivre sa plus grande aventure. Accompagné de ses amis le Président Roosevelt, Attila, le Romain Octavius, Jedediah et le pharaon Ahkmenrah, ainsi que de nouveaux personnages délirants, il va tenter de sauver la magie avant qu’elle ne disparaisse à tout jamais..
Le Muséum d'Histoire Naturelle renferme dans ses murs un secret mystérieux et stupéfiant que Larry, nouveau gardien de sécurité, ne va pas tarder à découvrir avec affolement : la nuit, toutes les expositions prennent vie ! Sous ses yeux, les soldats romains et les cow-boys miniatures se lancent dans une guerre acharnée, Attila et ses Huns commencent à piller les expositions avoisinantes, la momie tente de sortir de son sarcophage, le squelette du redoutable – mais néanmoins attachant – tyrannosaure rôde dans les couloirs... Le chaos est total ! Larry pourra-t-il remettre de l'ordre dans ses collections et sauver le musée ?.
Le plus grand musée du monde vient d'accueillir de nouvelles expositions, et parmi elles, l'ancestrale tablette des pharaons aux pouvoirs magiques. Désormais la nuit, toutes les animations du musée prennent vie, y compris le maléfique pharaon Kahmunrah et ses acolytes Al Capone, Ivan le Terrible et Napoléon. Le gardien de musée Larry et ses vieux amis le Président Roosevelt, Attila, T-Rex, le romain Octavius et Jedediah le cowboy vont devoir livrer une bataille acharnée et délirante contre ces animations malintentionnées..
Le job d'été de Nick Daley, qui n'est autre que celui de gardien de nuit au musée américain d'histoire naturelle, est un travail exigeant pour un lycéen. Heureusement, il suit les traces de son père et connaît bien l'ancienne tablette du musée, qui donne vie à tout lorsque le soleil se couche. Nick est heureux de revoir ses vieux amis, notamment Teddy, Sacagawea et Rexou. Mais lorsque le pharaon hystérique Kahmunrah s'échappe, avec l'intention d'ouvrir les enfers égyptiens et de libérer son armée des morts, c'est à Nick qu'il incombe de l'arrêter et de sauver le musée une bonne fois pour toutes..
