Un jour, Loki, le dieu nordique de la discorde, est exilé sur Midgard (le monde des humains) à la suite d'une de ses mauvaises plaisanteries. Il se retrouve donc sur Terre avec l'obligation de prendre l'apparence d'un enfant.
Sa seule chance pour retrouver sa forme d'origine et retourner vivre dans le monde des Dieux est de collecter le maximum d'auras maléfiques qui s'emparent du cœur des hommes. Il décide alors d'ouvrir une agence de détective pour mener à bien sa tâche. Mais bientôt, d'autres Dieux nordiques font leur apparition et tentent de le tuer, sans motif apparent....
Le célèbre détective Conan se rend sur l'île de Hachijô, où des ingénieurs du monde entier travaillent sur « La bouée du Pacifique », une installation de sécurité mondiale en mer. Pendant ce temps, il découvre que l'Organisation des Hommes en Noir a kidnappé une ingénieure et qu'une ombre menaçante plane sur son amie Ai Haibara..
Shinichi Kudo, 17 ans, est un maître détective respecté malgré son jeune âge. Mais c'est précisément ce qui lui fera du mal quand il est empoisonné par deux hommes en noir et devient ainsi un enfant. Depuis lors, il enquête en tant que Conan Edogawa pour continuer à résoudre des affaires pénales et à condamner les hommes en noir..
Lors d'une visite d'inauguration de la Bell Tree Tower du groupe Suzuki, Conan assiste impuissant au meurtre d'un guide, tué d'une balle de MK-11. Se lançant à sa poursuite, Conan rencontre Masumi Sera qui le guidera jusqu'a un port et lui sauvera la vie. En même temps, le sniper élimine plusieurs voitures de polices et se trouve poursuivie par le trio d'agent du FBI, Camel, Jodie et James.
Un espion vole des dossiers secrets provenant de divers services de renseignements comme le MI6, la BND ou la CIA à la police japonaise. Durant sa fuite, il subit un accident de voiture provoqué un tir de carabine de Shuichi Akai. Le lendemain, une jolie jeune femme blessée et seule est trouvé par Conan et ses amis à un aquarium à Tokyo. Ces derniers décident alors de l'aider à retrouver sa mémoire. La scène est observée par Vermouth.
Une actrice de pièces de théâtre reçoit une lettre de Kaitô Kid, menaçant de voler un joyau appartenant à la jeune femme. Cette dernière décide de se faire aider par Kogoro Mouri. Selon lui, le vol aura lieu lors de la représentation de la pièce "Joséphine", à laquelle Julie (l'actrice) participe. Conan, Ran,les détectives Boys, Haibara et même Sonoko sont de la partie. Le Kid sera cette fois particulièrement facile à reconnaître (pour Conan, Agasa et Haibara en tout cas) car il se déguisera en Shinichi. Alors que la pièce avait été bien entamée, le Kid essaye de s'échapper mais Conan le poursuit et livre un combat contre lui en haut du théâtre..
Un jour, Kogorô reçoit à l'agence un coup de téléphone. Au bout du fil, une personne qui lance un avertissement concernant l'explosion d'une bombe. À la fin du message, l'auteur laisse un code "Le Garçon en Bleu et Le Zèbre Bleu, La pluie venant d'en haut...". Si Conan arrive à déchiffrer ce code, il pourra stopper la bombe. C'est une nouvelle aventure qui commence pour Conan et les Détectives Boys. L'histoire prendra place dans un stade, lors d'une rencontre de foot entre l’équipe des Tôkyô Spirits, de Hideo Akagi, et celle des Big Ôsaka de Ryûsuke Higo..
La veille d'une sortie avec le professeur Agasa et les enfants, Conan fait un cauchemar où il voit Gin et Vodka le retrouver et s'en prendre à Ran. Pendant ce temps, une série de meurtres a lieu dans tout le Japon, incitant la police à collaborer entre préfectures. Le seul point commun entre eux est la présence d'une pièce de mah-jong à côté des victimes, ainsi que les derniers mots prononcés par la dernière victime en date : "Tanabata Kyo"..
Sous l'identité de Shinichi, Conan téléphone à Ran, et tous deux organisent un rendez-vous. Ce jour-là, alors qu'il cherche un moyen d'annuler le rendez-vous, Conan trouve un téléphone... Il s'agit en réalité d'un défi lancé par un poseur de bombes inconnu !! Conan s'engage dans une lutte effrénée contre l'agresseur....
Kid l'insaisissable continue ses agissements et veut cette fois s'emparer d'un œuf de Pâques de grande valeur. Ennemi juré de Conan, celui-ci tentera de l'arrêter alors qu'un autre danger le guette : un meurtrier du nom de Scorpion. D'autres prendront part à l'aventure, à savoir : Ran, Agasa, Mouri et les Détective Boys..
Tout commence alors que Kogoro, Ran, Conan, les détectives Boys et Haibara sont invités à une soirée d'inauguration d'un jeu vidéo virtuel appelé "Cocoon". Sonoko dont le père a participé à l'élaboration du jeu est aussi présente. Lors de cette soirée, les enfants de ceux qui auront participé à la création du jeu pourront le tester. Conan reçoit le badge d'entrer à la démo par le professeur Agasa qui avait aussi participé à la création de Cocoon avec Yusaku Kudo, le père de Shinichi. A la grande surprise de Conan, les détectives Boys et Haibara ont réussi à obtenir des badges. Alors que tout les enfant sont sur le point d'entrer dans les capsules qui permettent d'entrer dans le jeu, Sonoko donne son badge à Ran pour que celle-ci accompagne Conan..
Ran, Conan, Kogoro et les Détectives juniors sont invités à se rendre dans un tout nouveau parc d'attraction. Sonoko, grâce à sa situation familiale, est aussi de la partie. Mais si Kogoro est présent c'est avant tout pour résoudre une affaire. On remet tout d'abord à chaque invité un bracelet électronique qui est un pass pour toutes les activités, il est actif jusqu'à 22h, heure de fermeture du parc. Tandis que les autres partent profiter du parc, Conan et Kogoro sont mis au courant de l'enquête à résoudre. Néanmoins ce mystérieux client ne leur facilite pas la tâche et le nombre d'indices est restreint..
Conan Edogawa entreprend d'appréhender Lupin III, le suspect du vol d'un bijou appelé Cherry Sapphire. (Une suite de l'émission spéciale Lupin le troisième contre le détective Conan, 2009)..
A child and her nurse are out walking. A band of desperate men and women knock the nurse down and abduct the child. Soon a ransom note is sent to the parents. They hire a detective to pay the kidnappers off and rescue their child, although it turns out to involve a desperate chase..
Nous retrouvons tous nos héros en vacances à Okinawa, sur une île du Pacifique. Le guide qui s'occupe d'eux propose aux enfants une chasse au trésor. Cependant des évènements étranges ont lieu : une attaque de requins, un vol au musée... Tout semble lié à une vieille légende sur Mary Read et Anne Bonnie... car l'île est un lieu qui a donné naissance à une légende : on raconte en effet que deux femmes pirates auraient caché quelque part leur butin il y a plus de 300 ans. Évidemment, cette histoire attire les chasseurs de trésor et l’île sera le théâtre d’une nouvelle énigme à résoudre pour Conan, Ran et les autres..
690, l'impératrice Wu Ze tian est sur le point d'accéder au pouvoir. Jusqu'à ce qu'une série de meurtres retarde le couronnement. Elle fait appel au détective Dee pour résoudre le mystère, qui, lui, voit le moyen de se faire pardonner de retour après 8 ans d'exil..
Le top détective Joseon Kim Min tente de traquer les responsables de la circulation des quantités massives de contrefaçon lingots d'argent en Joseon. Il essaie aussi de trouver le frère manquant d'une jeune fille..
Joe Leland est un policier intègre qui défend avec ardeur les valeurs fondamentales de l'Amérique. Mais son couple s'effrite: sa femme Karen souffre de nymphomanie, et Joe décide de divorcer. Lors d'une de ses enquêtes, il met en état d'arrestation un jeune homosexuel, Felix Tesla, coupable d'avoir assassiné son partenaire et le fait condamner à mort. Il assiste lui-même à l'exécution. Peu de temps après, Norma McIver, une jeune femme, lui demande d'enquêter sur le suicide de son mari. Alors, peu à peu, une autre histoire va se faire jour, venant éclairer la première. Au moment où il découvre la corruption d'un de ses supérieurs, il apprend par ailleurs que McIver fréquentait les boîtes d'homosexuels; et le voile va se déchirer, pour lui démontrer la terrible erreur qu'il a commise, lui enlevant d'un coup toutes ses illusions..
Kim Min, le célèbre détective K, soupçonne l'existence de vampires à Joseon et cherche des informations sur le sujet. Un jour, il est invité à enquêter sur une affaire de meurtres en série sur l'île de Kanghwa. Kim Min et son partenaire Seo-pil y rencontrent une jeune et jolie femme dotée d'une force incroyable. Kim Min pense qu'elle peut être impliquée dans l'affaire bien qu'elle prétende avoir perdu la mémoire et ne même plus se souvenir de son propre nom. Kim Min a besoin de sa force et lui demande de l'aider à enquêter sur les meurtres. Grâce à un indice laissé sur un cadavre, ils essaient de déterminer qui sera la prochaine victime..
A Singapour, Conan enquête sur un meurtre perpétré dans un hôtel de luxe. Les premières pistes mènent alors le détective sur les traces du Blue Sapphire, un joyau disparu au fond de l'océan durant 19ème siècle lors d'un tragique naufrage..
